Les événements se déroule 6 mois après la fin du manga original Yu-Gi-Oh! de Takahashi Kazuki.
L’histoire met en scène la rivalité entre Yugi Muto, un adolescent qui fut possédé par l’esprit du Pharaon inconnu (Yami Yugi), et du complexe Seto Kaiba, dans un duel éprouvant.
