Suite à un phénomène inconnu, l’humanité a vu naître une nouvelle race d’Homme développant des pouvoirs surnaturels. Appelés les Altered, le gouvernement les envoie dans un lieu gardé secret, l’île D ou Area D.
L’histoire nous entraîne dans le quotidien éprouvant de Satoru Ida & Jin Kazaragi qui sont envoyés dans l’Area D avec d’autres prisonniers…