Rune Balot, adolescente prostituée brûlée vive par un tueur en série, est ramenée à la vie en devenant une implacable cyborg.
En échange de cette seconde chance, la jeune fille va devoir plonger dans les bas-fonds de Mardock City, une mégalopole où règnent la violence et le désespoir, à la recherche du psychopathe qui lui a ôté la vie…