Shishio Makoto était un assassin sanguinaire qui remplaça Battosaï (Kenshin) à la fin du shogunat. Le clan Choshu, craignant son ambition et sa force, l’a assassiné en le brûlant vif. Mais il survécu…
Plusieurs années après, il revient pour conquérir cette fois-ci tout le pays, accompagné d’un groupe de 10 puissants combattants et d’une armée privée.