L’histoire nous entraîne au côté de 3 lycéens et de leur professeur qui sont mystérieusement transportés dans le monde fantastique de El Hazard. Ils découvrent qu’une guerre oppose les humains contre les insectoïdes Bugrom.
Après avoir sauvé la princesse Rune Venus des créatures Bugrom, Makoto se voit obligé de se travestir et jouer le rôle de la soeur de Rune Venus, la princesse Fatora, avec qui il partage une ressemblance troublante, et qui a été enlevée.