L’histoire nous entraîne quand Motoko Kusanagi quitte l’unité secrète de l’armée, la 501ème, et commence à recruter de nouveaux membres pour sa propre unité au sein de la Section 9.
Un jour, quelqu’un pirate les Logicoma (tank mobile intelligent) et Kusanagi se retrouve soudainement attaquée par l’armée…