L’histoire suit le quotidien de Haruyuki, un lycéen petit, enrobé et timide. Un jour Kuroyukihime, la plus jolie fille de son école, lui fait découvrir un monde virtuel de combat nommé Accel World.
Dedans, Haruyuki devient un prestigieux et redoutable Linker Burst se donnant pour mission de protéger sa Princesse…