La Terre est toujours hostile pour les humains. Les Aragami, ces créatures terrifiantes, font encore rage dans le monde entier, créant misère et destruction.
Pour sauver le monde, de nouveaux héros ont été formés comme AGE (Adaptive God Eater), des humains qui ont été doués ou maudits avec une nouvelle version des armes God Arc (implants spéciaux alimentés par des cellules de Aragami).